Cartagena, 25 Temmuz 1995 tarihinde, şehrin ilk takımı Cartagena FC'nin ciddi ekonomik sorunları nedeniyle Club Deportivo Balsicas'ın yerine kuruldu; ilk başkan Florentino Manzano bu kurucu oldu. İlk sekiz yıl boyunca Cartagonova Fútbol Club olarak bilinmekteydi ve 1998-99 sezonunda üçüncü ligde mücadele etmeye başladı.
Kulüp daha sonra adını Fútbol Club Cartagena olarak değiştirdi ve başkanlık görevine Luis Oliver getirildi; kulüp, 2002-03 sezonundan sonra mali sorunlarla boğuşurken ve küme düşme tehlikesiyle karşı karşıya kalırken, yerel girişimci Francisco Gómez tarafından kapanmaktan kurtarıldı ve üçüncü ligde kendini sağlamlaştırdı ve 2009'da ikinci lige yükselmeyi başardı.
Daha önce çok daha eski bir tarihe sahip olan Cartagena FC, 2003-2009 yılları arasında rezerv takım olarak hizmet verdi ve sonunda bağımsızlığına kavuştu. 2009-10 ikinci lig sezonunda Efesé, bir başka terfiyi neredeyse başardı, nihayetinde beşinci sırada tamamlanmıştır; tüm terfi umutları, 41. ve sondan bir önceki maç gününde Recreativo de Huelva'ya deplasmanda 0-1'lik bir mağlubiyetle sona erdi.
19 Temmuz 2020'de Cartagena, 8 yıllık bir aradan sonra Segunda Division'a terfi etti.
