Burgos CF, 1985 yılında kurulmuş olup, maçlarına başlama tarihi 1994'tür. Bu takım, Kastilya ve Leon özerk bölgesine aittir ve 1936 ile 1983 yılları arasında faaliyet gösteren ilk Burgos CF'nin yerini almıştır. İkinci Burgos adını taşıyan bu futbol takımı, 2001-2002 sezonunda ilk defa La Liga Smartbank'ta mücadele etmiş, ancak 26-27 Temmuz 2002 tarihinde otomatik olarak Segunda Division B'ye düşmüştür. Şu an itibarıyla Burgos CF, La Liga Smartbank'ta mücadele etmektedir.
Burgos CF'nin kökenleri ve tarihçesi, Kastilya ve Leon bölgesinin futbol arenasındaki önemli temsilcilerinden biri olduğunu göstermektedir. 2001-2002 sezonundaki La Liga Smartbank deneyimi, takımın üst seviyede rekabet etme isteğini yansıtmaktadır. Ancak, 2002'deki düşüş, kulübün zorlu rekabet ortamında nasıl başa çıktığını göstermektedir.