Jan-Niklas Beste, 4 Ocak 1999 tarihinde doğdu. Futbol kariyerine Borussia Dortmund altyapısında başlayan Beste, Bundesliga'nın önde gelen kulüplerinde önemli adımlar atmıştır.
Beste, 12 Ağustos 2017'de Rielasingen-Arlen ile oynanan 2017–18 DFB-Pokal maçında Borussia Dortmund A takımıyla rekabetçi bir maça çıkarak dikkatleri üzerine çekti. Sezon öncesinde A takımın hazırlık maçlarında da sahaya çıkan genç oyuncu, 2017–18 sezonunu U19 takımında geçirdi.
4 Temmuz 2018'de Werder Bremen'e transfer olan Beste, ilk sezonunu rezerv takımıyla geçirdi. Ardından, 18 Haziran 2019'da Hollanda ekibi FC Emmen'e kiralandı ve Eredivisie'de forma giyme fırsatı buldu.
Temmuz 2020'de SSV Jahn Regensburg'a kiralanan Beste, Alman futbol sahnesinde deneyim kazanmaya devam etti. 15 Haziran 2022'de ise 1. FC Heidenheim ile üç yıllık bir sözleşme imzalayarak geri döndü.
