FC Augsburg, Bavyera eyaletinin Augsburg kentinde köklü bir spor kulübü olarak 1907 yılında kuruldu. Takım, uzun yıllar "Fußball-Klub Alemania Augsburg" adıyla mücadele etti. Ancak, sportif başarıların azalmasıyla birlikte, 1969 yılında TSV Schwaben Augsburg takımı ile birleşerek bugünkü adını aldı.
Kulüp, 1921-1969 yılları arasında "BC Augsburg" adıyla mücadele etti. Bu dönemde yaşanan zorluklar neticesinde, 15 Temmuz 1969'da TSV Schwaben Augsburg ile birleşerek günümüzdeki ismini aldı.
FC Augsburg, 2006-07 sezonundan beri 2. Bundesliga'da mücadele etmekte olup, 2010-11 sezonunda tarihinde ilk kez Bundesliga'ya yükselmeyi başardı. Kulüp, günümüzde hala Bundesliga'da mücadelesini sürdürmektedir.
