FC Tobol, Kostanay'daki Central Stadyumu'nda yer alan, Kazakistan Premier Ligi'nin köklü takımlarından biridir. 1992 yılında kurulan ligde sürekli yer alan FC Tobol, ulusal ve uluslararası alanda birçok başarıya imza atmıştır.
FC Tobol, 1992'den bu yana Kazakistan Premier Ligi'nin ayrılmaz bir parçasıdır. Kulüp, 2007 yılında UEFA Intertoto Kupası'nı kazanarak uluslararası alanda adını duyurdu. 2010 yılında Kazakistan Premier Ligi şampiyonluğunu kazanan Tobol, 2002-2010 yılları arasında ligi hiçbir zaman dördüncü sıranın altında bitirmemiştir. 2021 yılında ikinci kez Kazakistan Premier Ligi şampiyonluğunu elde etmişlerdir.
2016: Kyzylzhar'a sürpriz bir yenilgi sonrası, teknik direktör Dmitriy Ogai kulüpten ayrıldı ve Oleg Lotov geçici teknik direktör olarak atandı. 30 Mayıs 2016'da Omari Tetradze, kulübün yeni teknik direktörü olarak göreve başladı.
2018: Vladimir Nikitenko, Robert Yevdokimov'un sözleşmesinin sona ermesiyle sezon öncesinde Tobol'un teknik direktörü olarak atandı. Ancak 1 Ağustos'ta Avrupa Ligi'nden elenmenin ardından istifa etti. Andrei Miroshnichenko geçici teknik direktör oldu ve 6 Ağustos'ta Marek Zub, Tobol'un yeni teknik direktörü olarak ilan edildi. 31 Aralık 2018'de Zub'un sözleşmesi yenilenmedi ve Vladimir Gazzayev yeni teknik direktör olarak atandı.
2019: 21 Temmuz'da Gazzayev, Jeunesse Esch'e yenildikten sonra UEFA Avrupa Ligi'nden elenmenin ardından istifa etti. 14 Aralık 2019'da Grigori Babayan teknik direktör olarak atandı.
2021: 17 Haziran'da Babayan, CSKA Moskova'da bir görev almak üzere görevinden ayrıldı. Ertesi gün Alexander Moskalenko geçici teknik direktör olarak atandı. 16 Mayıs 2022'de Moskalenko görevinden ayrıldı ve 20 Mayıs 2022'de Milan Milanović yeni baş antrenör olarak atandı.
2023: 10 Ocak'ta Milić Ćurčić, Tobol'un yeni baş antrenörü olarak atandı. Temmuz 2023'te Andrei Kanchelskis, Tobol'un Genel Direktörü olarak atandı.
